韶关市博物馆设有办公室、保管部、陈列部、宣教部、场馆管理部（含中共粤北省委五里亭旧址及历史陈列馆、北伐战争纪念馆）、保卫部、考古调查部、学术研究部共八个内设机构，开展日常工作。

    办公室：负责文电、会务、机要、档案等单位日常运转工作。承担信息、保密、政务公开、财务、资产管理和后勤保障等工作。负责党群工作。承担人事管理、机构编制、劳动工资、退休人员服务等工作。

    保管部：负责文物等藏品的征集、鉴定、数字化信息库建设以及账册和档案管理。负责馆藏文物预防性保护、修复、研究等相关工作。负责藏品库房的管理。

    陈列部：负责各类展览的策划、组织和实施。负责编写陈列大纲、展览方案，编撰与展览相关的图书资料。负责引进和输出展览。负责展陈档案管理工作。

    宣教部：负责全馆的对外宣传报道，开展社会教育活动。负责博物馆的形象推广、文化创意产品宣传推广等工作。负责观众接待、投诉处理、讲解稿撰写和讲解工作。负责讲解员的培训和管理。

    场馆管理部：负责中共粤北省委五里亭旧址及中共广东省委粤北省委历史陈列馆、北伐战争纪念馆的开放、讲解、接待、安全以及相关设施设备维护等日常管理工作。承担所辖场馆对外宣传、推广、社会教育活动等工作。

    保卫部：负责拟订安全保卫工作制度并组织实施，管理保安队伍。负责全馆技防、消防设施设备管理检查工作。负责博物馆社会治安综合治理、开放区域的安全巡查管理工作，指导、监督其他场馆做好安全保卫工作。

    考古调查部：负责拟订年度文物考古调查工作计划并组织实施。承担全市陆地及水下考古调查、勘探、发掘，开展出土、出水文物科技保护、修复等工作。承担考古等课题研究。

    学术研究部：负责拟订本馆年度学术活动计划，开展相关课题研究和学术交流合作活动。开展相关科研项目的申报、立项和管理。负责编辑和出版馆刊、文博专业期刊，管理全馆图书资料。负责博物馆文化创意产品开发。